KodHTML

wtorek, 12 maja 2026

Ku chemii post-kwantowej. 0. Wstęp

 Najpierw wyjaśnienie dotyczące cyklu "Ku chemii post-kwantowej"

Przygotowuję cykl wystąpień dla mediów społecznościowych. Nazwałem ten cykl "Ku chemii post-kwantowej". Chcę pokazać, o czym myślę, gdy mam wolny czas. Na emeryturze mam dużo wolnego czasu, ale jakby jest go coraz mniej. Jeśli nie wypowiem się, to myśli zginą jak ich większość. Poniżej jest więc tekst wstępu do wspomnianego cyklu. Planuję to zrobić w formie filmików z moją gadającą postacią w roli głównej. Być może na filmiku treść będzie się nieco różnić od poniższego tekstu. Jest to wynik ciągłych poprawek, które nanoszę, cyzeluję tekst, choć i tak wiem, że lepiej (lub gorzej) tego przedstawić nie potrafię. Mam nadzieję, że będzie to droga, która pokazuje rodzenie się wolności naukowej. Jest to wolność zmierzająca ku prawdzie, prawdzie naukowej.


0. Wstęp. Ku chemii post-kwantowej

    Zakończyłem moją zawodową pracę na Politechnice Śląskiej na jesieni roku 2025. Ostatnia publikacja, której jestem współautorem ukazała się na wiosnę roku 2026 w czasopiśmie „Molecules”... Na emeryturze mogę zatem przestać zajmować się nauką. Problem jest w tym, że nauka nie przestaje mnie zajmować!

    Chemia organiczna to był mój zawód i pasja, ale na pewnym etapie pracy zawodowej pojawiła się chemia teoretyczna; miała być tylko częścią mojego pensum dydaktycznego na Wydziale Chemicznym Politechniki Śląskiej.

    Stało się tak dlatego, że jakieś 20 lat wcześniej otrzymałem polecenie od ówczesnego dziekana Wydziału Chemicznego, polecenie prowadzenia wykładów z chemii teoretycznej dla naszych studentów na kierunku chemia. Byłem dość zdziwiony, ale posłuszny poleceniu. Mawiało się wtedy, że dziekanowi się nie odmawia. Zresztą w etatystycznej i pełnej nakazów rzeczywistości Politechniki, chyba nie miałem innego wyjścia.

    Dość niespodziewanie dla samego siebie, przygotowywanie treści i prowadzenie wykładów oraz ćwiczeń dla studentów pchnęło mnie na ścieżki  naukowego myślenia o tym, co wykładałem. Nie tylko dydaktyka ale, włączyła się w ten proces nauka.

    Coraz bardziej zastanawiało mnie to, że niektóre treści, które przekazywałem młodym adeptom chemii, budzą we mnie szereg pytań, a w studiowanej równolegle literaturze i publikacjach naukowych nie znajdowałem odpowiedzi mnożące się wątpliwości.

    Myślałem o tym niejako po godzinach, w zaciszu mojego prywatnego pokoju, podczas wędrówek turystycznych, albo podczas zwiedzania Polski czy Europy. Prowadziłem dodatkowo eksperymenty numeryczne w tym obszarze, zapisywałem wyniki.

    Nawet korespondowałem z uznanymi w danej dziedzinie specjalistami, gdy trafiałem na problemy, które wydawały mi się ciekawe, a nie do końca wyjaśnione i ich książkach. Współpracowałem z zawodowym fizykiem nad zagadnieniami, które przekraczały moje umiejętności jako programisty (o to było całkiem łatwo). Ta bardzo ciekawa współpraca skończyła się jednak wtedy, gdy niespodziewanie dla nas obu, pojawiły się problemy tak fundamentalne, że godziły w podstawy fizyki głównego nurtu. 

    Fizyk oznajmił, że nie wolno nam dalej drążyć tematu.  Zarzuciłem więc dalsze rozważania i badania. Skoro zawodowy fizyk stwierdził, ŻE NIE, to co ja chemik mogłem dodać… chyba nic, poddałem się.

Po wielu latach jednak odważyłem się wreszcie przedstawić, to co jest wynikiem tamtej pracy. A jest to trzeci etap faradejowskiego: "work, finish, publish". Jednak nie na łamach jakiegoś czasopisma, ale w sieci, w mediach społecznościowych. Tym sposobem, nie chcę narażać nikogo, poza mną samym, na niepowodzenia wynikające z możliwości pomyłki… na możliwość lekceważenia czy śmieszności. Gdyby moją rację przyjęli inni, to znaczy, że gdyby w tych rozważaniach było ziarno naukowej prawdy... tak znajdą się współautorzy a nawet główni autorzy tych pomysłów... 

Nazwałem ten cykl “Ku chemii post-kwantowej”.

A! jeszcze jedno, moje wypowiedzi będą oparte na metodzie naukowej, którą zastosuję według następującego schematu:


Obserwacje, pytania naukowe, zbieranie wiedzy, hipoteza albo raczej hipotezy, weryfikacja hipotez, wnioski. 


 



poniedziałek, 4 maja 2026

Podziękowanie

 Dawno tu nie pisałem, ale znalazłem właśnie podziękowanie od Uniwersytetu III wieku w Cieszynie. Było to w roku 2024, ale żeby nie zapomnieć, że i tam zrobiłem wykład dodaję skan podziękowania:

Miałem chyba jeszcze jeden wykład w roku 2025, ale nie pamiętam :)


wtorek, 5 grudnia 2023

Dwa rysunki tej samej cząsteczki

    Podczas pracy z cząsteczkami chemicznymi potrzebuję bardzo często wizualizacji tychże. Korzystam z wielu programów, które to robią w rozmaity sposób. Ostatnio natknąłem się na dość ciekawą różnicę. Otóż wziąłem ten sam plik ze współrzędnymi i załadowałem go do dwóch różnych programów - Jmol oraz IQmol. Okazało się że te dwa programy inaczej "widzą" wiązania. Na obrazku poniżej ta różnica jest doskonale widoczna:
    Po lewej stronie jest wynik działania programu Jmol, po prawej - IQmol. Okazuje się, że dla odległości atomów wynoszącej 0.196 nm pierwszy program nie rysuje wiązania (atomy zaznaczone są żółtymi kółkami a odległość przerywaną kreską), a drugi takie wiązanie rysuje (atomy i omawiane wiązanie pojedyncze zaznaczone są czerwoną poświatą). Wydaje się, że bardziej poprawne jest pomijanie wiązania, gdyż odległość wynosząca 0.196 nm przekracza o 0.04 nm długość wiązania pojedynczego CC. To jest znaczna różnica.

    Zdarza się, że w zależności od tego, którego programu się używa, można mieć różny pogląd na budowę tego samego związku. Sytuacja ta jednak nie występuje, gdy się pracuje ze znanymi strukturami. Próba wizualizacji nowych, hipotetycznych związków prowadzi, jak widać, to takich niejednoznaczności. O ile to rozumiem, programy różnie interpretują sytuacje geometryczne z naprężonymi fragmentami strukturalnymi. Zazwyczaj tam, gdzie pojawiają się wiązania podwójne. Tak się dzieje w wypadku tej struktury.  

    Jednakże zastosowanie formatu programu Sybyl (mol2) pozwala na pokazanie wiązań podwójnych, które są niewidoczne w powyższych przykładach:


    Wyświetlenie wiązań podwójnych wymaga zastosowania sekwencji programów do wizualizacji. W pokazanym przykładzie plik ze strukturą wygenerowaną przez program obliczeniowy (w tym wypadku MOPAC 22.1.0, metoda PM7 ) został przeniesiony do programu Gabedit, w tym programie struktura została zapisana na dysk w formacje mol2. Plik w tym formacje został zwizualizowany za pomocą programu Jmol. Animację wykonały procedury działające w Jmolu. Jest to pakiet procedur FirstGlance.

    Należy zwrócić uwagę na geometrię podstawników wokół fragmentów allenowych. Podstawniki znajdują się w skrajnie niekorzystnych położeniach. Również wiązania podwójne we fragmencie allenowym nie znajdują się na prostej. Te przyczyny powodują, że cząsteczka jest niezwykle naprężona (i prawdopodobnie nie może istnieć w tej postaci). W tym może tkwią problemy z wizualizacją wiązań w formatach innych niż mol2.

    Niestety dotychczas nie udało mi się rozpracować możliwości pokazania animacji cząsteczek sterowanych za pomocą myszki. Wprawdzie daje się to zrobić, o ile cząsteczka znajduje się w bazie danych np. PubChem, lub PDB. Przykład z bazy PDB wklejony jest poniżej:
Kłopot z własnymi cząsteczkami polega na tym, że Blogspot nie pozwala na jawne odnoszenie się do lokalizacji pliku ze współrzędnymi (mam na myśli katalogi Blogspotu). Tego wymaga zastosowany powyżej program wizualizacyjny 3Dmol. Być może istnieje taka możliwość, ale mimo usilnych starań nie udało mi się tego problemu rozwiązać.

piątek, 19 lutego 2021

Plakat

 Około roku 2004 wydawało mi się, że studentów trzeba zainteresować moją osobą poprzez zrobienie plakatu propagującego podróz z chemią organiczną. Porzuciłem jednak tem pomysł, ale plakat z tamtego czasu pozostał... młodym się było:




Napis "Chemia" z punktów xy

 Kiedyś utworzyłem zbiór punktów xy, który odtwarza napis "Chemia". Na ten pomysł wpadłem około roku 2004. Arkusz kalkulacyjny daje taki wynik:

Poniżej znajduje się zbiór współrzędnych, które przeniesione do arkusza kalkulacyjnego pozwalają odtworzyć ten napis:

596 583
613 596
623 609
638 623
651 636
660 649
668 666
677 685
688 702
688 719
683 745
674 768
657 781
643 791
623 796
600 796
581 789
577 785
532 768
509 749
489 736
464 717
430 677
400 640
372 596
347 543
328 496
315 453
313 415
311 379
319 345
319 309
334 279
345 260
362 243
381 226
398 211
423 198
449 189
474 185
498 185
517 187
540 187
566 196
589 200
609 213
626 226
660 247
687 270
704 289
719 309
740 330
764 355
783 387
804 419
823 443
847 464
864 487
883 511
900 536
915 562
926 587
936 615
949 655
953 691
953 719
945 748
934 760
923 751
909 728
889 700
877 677
866 643
849 609
840 583
836 564
826 536
813 498
811 472
800 443
789 406
781 366
770 332
762 300
747 255
745 232
740 215
764 238
779 257
791 283
813 311
832 338
849 368
866 391
883 411
900 426
917 445
940 460
957 462
977 455
987 443
996 426
985 404
985 387
977 368
970 351
962 328
955 306
949 285
945 264
940 243
938 223
949 204
968 198
985 198
1000 206
1017 219
1036 243
1060 264
1074 281
1089 298
1111 317
1128 334
1143 351
1149 355
1140 338
1132 317
1128 302
1121 283
1123 268
1145 277
1166 285
1189 294
1213 300
1232 311
1251 326
1279 345
1294 362
1309 385
1319 404
1323 434
1317 451
1309 466
1289 474
1268 477
1251 472
1226 460
1209 445
1187 428
1170 409
1153 381
1140 360
1128 330
1121 304
1119 274
1128 249
1136 228
1156 206
1174 189
1198 181
1223 191
1251 191
1274 200
1300 211
1321 228
1345 245
1366 264
1385 285
1398 298
1411 315
1428 336
1447 364
1470 385
1485 406
1496 430
1500 449
1506 464
1500 434
1487 398
1477 364
1466 330
1453 291
1440 251
1434 223
1428 200
1451 223
1466 251
1485 279
1502 306
1517 330
1530 357
1551 387
1568 409
1585 430
1596 445
1613 455
1632 464
1651 466
1666 449
1670 434
1670 415
1664 394
1649 360
1636 317
1628 283
1621 251
1611 219
1604 198
1598 185
1630 219
1645 249
1664 277
1679 298
1691 326
1713 347
1728 377
1745 396
1762 417
1779 436
1798 451
1815 462
1840 464
1853 453
1862 436
1857 411
1849 381
1830 336
1815 302
1802 270
1798 238
1798 217
1806 200
1828 191
1845 194
1862 200
1883 215
1904 250
1934 272
1966 311
1983 336
2000 360
2017 379
2026 387
2043 402
2060 428
2070 455
2074 472
2068 443
2053 404
2040 368
2026 330
2013 287
2000 255
1998 228
2009 209
2017 198
2032 191
2051 194
2068 200
2091 217
2111 232
2128 249
2151 274
2172 298
2196 319
2221 347
2236 368
2251 394
2266 411
2283 428
2302 447
2319 453
2340 464
2369 472
2385 472
2409 466
2428 457
2434 440
2421 415
2409 387
2391 362
2377 334
2360 306
2349 289
2332 266
2319 247
2302 219
2283 202
2268 191
2247 189
2226 191
2204 211
2189 236
2189 270
2196 300
2206 326
2226 360
2243 387
2260 409
2283 428
2302 445
2326 457
2345 470
2370 472
2391 470
2417 464
2434 453
2440 443
2430 419
2419 387
2404 345
2391 304
2379 274
2368 243
2368 209
2377 191
2396 185
2415 194
2438 209
2464 226
2481 251
2100 540

Biegacz - rysunek

 Ten prosty rysunek powstał bardzo dawno temu. Dane pliku pokazują, że to był rok 2008, ale na pewno sam rysunek powstał znacznie wcześniej. Kierdyś interesowały mnie kształty ludzkie narysowane ze zbiotu trójkątów i innych figur. 

Umieszczam go tutaj, aby nie zapomnieć.


piątek, 4 grudnia 2020

Historia pewnego tłumaczenia. Jak tłumacz Google radzi sobie z tłumaczeniem zwrotnym łacińsko-polskim i na odwrót

 

W książce ks. Jana Wiśniewskiego pt. „Miasto Wolbrom w Olkuskiem”, Druk. Szkoły Rzem. W Majrówce Opocz. 1934, str. 17. Znalazłem fragment informujący, że nad wejściem do zakrystii kościoła parafialnego w Wolbromiu znajduje się zapis po łacinie: Tanquam sponsus Dominus procedens de thalamo suo. Chciałem się dowiedzieć, co ten napis oznacza. Nie znam niestety łaciny, więc postanowiłem zrozumieć treść tych słów korzystając z tłumacza Google. Tłumacz okazał się programem, który wprowadził mnie w stan zdumienia.

Po pierwsze przytoczony tekst napisany bez kropki na końcu tłumaczony jest tak:

Jako oblubieniec wychodzący z jej pokoju

Jeśli postawi się kropkę, to tłumaczenie jest następujące:

Jako oblubieniec wychodzący z szafy.

Kościół jako szafa… No dobrze, trudno. Chciałem jednak dokonać tłumaczenia zwrotnego (bez kropki na końcu sentencji, bo szafa jakoś mi nie pasowała). W tym celu zamieniłem miejscami tłumaczenia… No i zaczęło się… Zamianę tłumaczeń miejscami chciałem skończyć aż nie będzie zmian. Wyszło z tego coś takiego:

łaciński

polski

Tanquam sponsus Dominus procedens de thalamo suo

Jako oblubieniec wychodzący z jej pokoju

Cum autem faciente sponso suo relinquens locus

Odkąd pan młody opuszczał swój pokój

Pro quo suum sponsum

Za co jego małżonek

Quid coniugi suo

Jaki jest jego małżonek

Quod coniugi suo

To jej małżonek

Hoc eius coniugi

To małżonek

Est autem coniugi

Jest małżonkiem

Ea est coniugi

Ona jest małżonką

Quæ est coniugi

Co to jest małżonek

Quid est, coniugi

Kim jest małżonek


Już mi się znudziło, ale aż boję się, co by to było za tłumaczenie, gdybym dał tę nieszczęsną kropkę na końcu...